Sebagai lembaga pendidikan formal, Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Purwokerto 1 yang beralamat di Jalan Senopati 1 Arcawinangun Kecamatan Purwokerto Timur Kabupaten Banyumas adalah salah satu Sekolah Lanjutan Atas yang diakui oleh masyarakat baik status maupun keberadaannya.

Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Purwokerto 1 merupakan penjelmaan dari Sekolah Persiapan Institut Agama Islam Negeri (SPIAIN) Sunan Kalijaga Purwokerto. SPIAIN ini berdirinya diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia pada tanggal 5 Oktober 1962 bertepatan tanggal 6 Jumadil Awal 1382 Hijriyah

Adapun sebagai perintis, pendiri dan pembinanya yaitu :

  • Notosuwiryo
  • M. Effendy, SH ( Dekan Fak syariah IAIN Wali songo Semarang )
  • Musallim Ridlo
  • Arif Waspadi

Sistem Pendidikan SPIAIN menggunakan jenjang tingkat I dan tingkat II denganlama pendidikan 2 tahun. SPIAIN menerima siswa yang merupakan tamatan PGA 4 tahun atau siswa pindahan dari SMA kelas II, melalui ujian seleksi. Pada masa awal pimpinan SPIAIN berbentuk Direktorium, yang waktu itu dijabat oleh Drs. Mz. Arifin, Drs. Moh. Zein, dan A.M. Effendy, SH dari tahun 1962-1968.

Berdasarkan surat keputusan Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta No.2 tahun 1964 tanggal 1 April 1964 tentang pembentukan Inspektorat SP. IAIN dan digantinya sistem Direktorium menjadi Direktur, maka di SP. IAIN Purwokerto sejak tahun 1969-1972 direkturnya hanya satu, sebagai Inspektur Inspektoratnya dijabat oleh Dr.H.A Mukti Ali. Inspektorat berfungsi sebagai coordinator SPIAIN se Jawa Tengah dan DI Yogyakarta dan sejak saat itu terjadi perubahan system tingkat kelas,yaitu kelas 1, 2, dan 3 denga jenjang pendidikan 3 tahun dan menerima siswa tamatan SMP dan MTs.

Perkembangan berikutnya dengan adanya Surat Keputusan Menteri Agama No. 17 Tahun 1978 tanggal 16 Maret 1978 nama SPIAIN diubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri dan wewenang pengelolaan berpindah dari Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta kepada Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Tengah, yang serah terimanya dilaksanakan pada tanggal 31 Juli 1978 di MAN Purwokerto.

Lokasi MAN 1 Banyumas sejak berdiri tahun 1962 sampai dengan tahun 1983 berada di kompleks Perguruan Al Hidayah Karangsuci-Purwanegara Purwokerto dengan setatus menyewa kepada yayasan Al Hidayah atas biaya pemerintah, kemudian secara berangsur pemerintah memberi bantuan bangunan gedung lengkap dengan meubelairnya melalui dana DIP ( Daftar Isian Proyek ), yang dibangun diatas tanah sumbangan wali murid melalui pengurus BP3 Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Purwokerto Yang terletak di Desa Arcawinangun –  Purwokerto Timur.

Status Madrasah Aliyah Negeri bedasarkan UU No. 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Madrasah Aliyah Negeri termasuk Sekolah Menengah Umum. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0489/U/1992 tentang Sekolah Menengah Umum disebutkan bahwa Madrasah Aliyah Negeri adalah Sekolah Menengah Umum yang berciri khas agama Islam yang diselenggarakan oleh Departemen Agama, dan saat sekarang dalam UU No. 20 Tahun 2003 tentang SISDIKNAS ( Sistem Pendidikan Nasional ) Keberadaan Madrasah Aliyah Negeri Semakin tegas.

Dengan adamya keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 810 Tahun 2017 tanggal 5 Oktober 2017 tentang perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Propinsi Jawa Tengah MAN Purwokerto menjadi MAN 1 Banyumas.

Adapun yang pernah menjabat sebagai kepala Madrasah adalah :

  1. M. EFFENDI, SH                                          (1962 – 1968)
  2. MOH.ZEIN                                                   (1968 – 1975)
  3. ARIEF WASPADI,BA                                  (1975 – 1979)
  4. A. SUHADI, BA                                           (1979 – 1982)
  5. MUCH MAHZUM                                       (1982 – 1984)
  6. SOEDIMAN BOEDY, BA                            (1984 – 1991)
  7. ISMAIL                                                       (1991 – 1995)
  8. H. DALIMAN, M. Pd                                 (1995 – 2007)
  9. H. KHAMID ALWI, M. Ag                        (2007 – 2011)
  10. H. ABDURACHMAN, M. Ag                     (2012 – 2013)
  11. H. MOHAMAD ALWI, M.Pd.I                  (2013 – 2017)
  12. H. KHAMID ALWI, M.Ag                         (2018 – 2019)
  13. Drs. H. Muslikh                                         (2019 –         )